Det har först och främst ett kompakt mörkerrum och därtill tre olika ljuskällor för UV-, blått eller vitt ljus. Systemet från Syngene har en högupplöst CCD-kamera med tre miljoner pixlar och kan kopplas till i princip vilken dator som helst på laboratoriet. Med den medföljande mjukvaran Genesys styrs bildtagningen och användaren får hjälp att använda rätt kombination av belysning och filter. Inbyggt finns ett ljusbord baserat på blå LED-belysning vilket är extra bra för laboratorier med UV-känsliga prover, vilket också minskar exponeringen av skadlig UV-strålning för användaren. Transilluminatorbordet går att skjuta ut ur mörkerrummet för att göra det lättare att se proverna och för att kunna skära av specifika gelband. Vissa inställningar som zoom, fokus och val av filter går att styra direkt på Ingenius 3, medan nedströms analys med fördel kan skötas genom den medföljande Genetools-mjukvaran.