Proteinkartan uppdateras
Den nya versionen av Human Protein Atlas innehåller en uppdaterad karta över proteindistributionen i mushjärnan och en validering av de antikroppar som använts i projektet.
Idag lanserar det svenska miljardprojektet Human Protein Atlas, HPA, med före detta Scilifelab-direktören Mathias Uhlén i spetsen, den fjortonde versionen av sin karta över kroppens proteiner. Där har proteiner i samtliga större organ och vävnader i människan lokaliserats med hjälp av antikroppar och hösten 2014 lanserades den första ”fullständiga” versionen av proteinatlasen över människokroppen. Sedan dess har mer data lagts till och i databasen, som finns fritt tillgänglig på projektets hemsida, finns nu information om drygt 25 000 antikroppar som täcker cirka 86 procent av människans gener.
Version 14 av
Forskarna har validerat de antikroppar som används i HPA-projektet genom att utvärdera deras effekt vid olika omständigheter samt genom att bland annat jämföra deras resultat med RNA-sekvensering. Syftet var att ta fram mer information om antikropparnas tillförlitlighet och därmed säkerställa att resultaten har analyserats på rätt sätt i proteinatlasen. Informationen sammanfattas i databasen och finns hittills tillgänglig för nästan 7 500 gener.
Den nya, uppdaterade atlasen över mushjärnan täcker fler hjärnregioner och innehåller mer information än tidigare om distributionen av proteiner i mushjärnan, både på cellnivå och subcellulärt.
- Vi tror att denna information är ett värdefullt komplement till vår mänskliga proteinatlas och andra internationella projekt där hjärnans byggstenar kartläggs, exempelvis Allen Brain Atlas och Gensat-projektet. Atlasen är interaktiv och ger en möjlighet att zooma in på enskilda celler i specifika hjärnregioner, säger doktor Jan Mulder, ledare för arbetet med Mouse Brain Atlas, i ett pressmeddelande.
HPA-projektet finansieras genom anslag från Knut and Alice Wallenbergs Stiftelse. Arbetet bakom det bedrivs främst vid Albanova, Scilifelab, KTH och på Rudbecklaboratoriet vid Uppsala universitet.
Gå till hemsidan för Human Protein Atlas.