Släpper ny version av proteinatlasen
Idag lanseras en ny version av den karta över kroppens proteiner som satts samman genom det svenska miljardprojektet Human Protein Atlas, HPA.
Den femtonde versionen av databasen tillför information om transkriptomet, de mRNA-molekyler som används av cellerna för att bygga proteiner.
I HPA-projekte
I proteinatlasen finns information om människans proteiner och bilder från olika vävnader. Informationen i databasen bygger på analyser med drygt 25 000 antikroppar som kan identifiera drygt 17 000 unika proteiner hos människan. Utöver det finns även RNA-analyser av alla proteinkodande mänskliga gener.
I samband med lanseringen av den nya versionen av HPA publiceras en artikel i tidskriften Molecular Systems Biology. Den innehåller en jämförande analys mellan HPA-projektet och proteomikdata genererat genom Genotype-Tissue Expression-projektet, GTEx, som genomfördes vid Broad Institute i USA och som bygger på drygt 1 600 postmortem-prover från 28 mänskliga vävnader. Båda databaserna är offentligt tillgängliga.
- Genom att inkludera data från GTEx i The Human Protein Atlas har vi gjort vår databas ännu mer omfattande och det känns betryggande att det är ett så pass stort överlapp mellan vävnadsklassifikationen av generna i de två olika databaserna, säger professor Mathias Uhlén som är ledare för The Human Protein Atlas, i ett pressmeddelande.
HPA-projektet finansieras genom anslag från Knut and Alice Wallenbergs Stiftelse. Arbetet bakom det bedrivs främst vid Albanova, Scilifelab, KTH och på Rudbecklaboratoriet vid Uppsala universitet.
Läs artikeln i Molecular Systems Biology: Transcriptomics Resources of human tissues and organs
Human Protein Atlas hemsida
GTEx hemsida
Läs också:
Fortsatt fokus på HPA
När han lämnar Scilifelab lägger Mathias Uhlén fokus på ett nytt proteomikprojekt. Dessutom fortsätter arbetet med Human Protein Atlas.