Hon utgår från djuren
Kerstin Lindblad-Toh är mitt i den snabba utvecklingen inom genomsekvensering och hoppas att svenska forskare snart vågar vara lika öppna som amerikanska.
En hund med diabetes är inte bara en sjuk hund för Kerstin Lindblad-Toh. Det är också en ledtråd till vilka gener som ligger bakom sjukdomen, vilka motsvarande gener är hos människor och hur den kunskapen kan användas för behandling.
Nu närmar sig hösten och Kerstin Lindblad-Toh och hennes familj packar för att lämna Sverige. Under vinterhalvåret bor de i Boston, där Kerstin Lindblad-Toh leder arbetet med sekvensering av ryggradsdjurs arvsmassa vid Broad Institute, ett av världens ledande genomikcenter, medan våren och sommaren tillbringas i Uppsala. Här är Kerstin Lindblad-Toh professor i komparativ genomik vid Uppsala universitet och leder uppsaladelen av Science for life laboratory, SciLifeLab, det nationella resurscentret för storskalig forskning inom molekylär biovetenskap som startade 2010.
Det är fullt upp, konstaterar hon, och slår sig ned med en kopp te på kontoret vid Biomedicinskt centrum i Uppsala.
– SciLifeLab sätter mer tryck på mig att vara här i Uppsala. Men jag vill inte släppa Broad. Det är viktigt med den internationella kontakten och möjligheten att se var den senaste tekniken finns, säger Kerstin Lindblad-Toh.
Kerstin Lindblad-Toh utsågs till professor vid Uppsala universitet vid 38 års ålder. Hennes forskning genererar frekvent artiklar i tidskrifter som Science och Nature. Forskaryrket passar henne bra, konstaterar hon.
– Jag tycker om att klura på saker, planera och analysera data. Och det ger mig en kick att få människor att arbeta tillsammans på ett bra sätt.
Viljan att lägga pussel och klura på saker gjorde också att hon valde att gå molekylärbiologlinjen vid Stockholms universitet i stället för läkarlinjen.
Kerstin Lindblad-Tohs forskning handlar om att försöka förstå människans genom, vår arvsmassa, genom att jämföra den med andra däggdjurs och ryggradsdjurs genom. Bland annat jämför hon arvsmassan hos friska och sjuka hundar för att hitta gener kopplade till sjukdomar som drabbar både människor och hundar.
– Hundar är en bra modell eftersom de och människor i princip har samma genuppsättning, vi lever i samma miljö och drabbas av sjukdomar på liknande sätt.
Dessutom är det lättare att hitta sjukdomsframkallande genförändringar hos hundar än hos människor. Många av hundraserna har nämligen etablerats under de senaste hundra åren, vilket gör den genetiska variationen inom raserna liten. Samtidigt har människans avel anrikat sjukdomsgener hos olika raser.
– Det går att hitta sjukdomsgener med hjälp av bara några hundra hundar i stället för tusentals patienter som det skulle krävas för att hitta gener bakom människans folksjukdomar.
I sin forskning har Kerstin Lindblad-Toh hittat gener hos hundar kopplade till uppkomsten av en rad sjukdomar, däribland en SLE-liknande autoimmun reumatisk sjukdom och skelettcancer. I flera fall har forskningen tagit steget över till människor. Det gäller till exempel upptäckten av en genetisk förändring som gör Shar Pei-hundar till världens skrynkligaste hundras, men som också visade sig ligga bakom en febersjukdom som är vanlig hos rasen. Förändringen gör att hundarna tillverkar mycket mer av hyaluronsyra än andra hundar.
– Det är en helt ny mekanism för febersjukdomar. Vi har just börjat mäta på människor med febersjukdomar för att se om hyaluronsyra har en betydelse hos oss också, och det verkar lovande.
Men tillvägagångssättet övertygar inte alla. Vissa anser att det är bättre att leta direkt hos människan efter sjukdomsgener. Andra att genomet inte räcker för att förklara våra sjukdomar; att studier av alla interaktioner mellan proteiner, RNA och gener är vägen fram.
– Jag tycker inte att man ska säga ett det ena eller andra är viktigast, teknikerna kompletterar oftast varandra, säger Kerstin Lindblad-Toh.
Hundarna kom in i Kerstin Lindblad-Tohs forskning när hon efter en post-docperiod vid Broad Institute, i genomikkändisen Eric Landers grupp, erbjöds att leda ett projekt för att sekvensera musens genom. Hon insåg att det skulle vara lättare att förstå människans arvsmassa om den jämfördes med fler däggdjur än musen, och drev igenom att sekvensera ytterligare över 20 däggdjursgenom . Idag har hennes grupp på Broad sekvenserat 30 däggdjursgenom som just har analyserats och skickats in för publicering i Nature.
– Det lär oss mycket om hur gener regleras och vilka andra funktionella enheter som finns i människans arvsmassa. Vi fick nyss klartecken att sekvensera 30 genom till och med dagens tekniker ska det ta ungefär sex månader, i stället för fem år som det tog förra gången.
Kerstin Lindblad-Toh ser tydliga skillnader mellan att vara forskare i USA och Sverige. Bland annat hur man pratar om sina tidiga resultat.
– I Sverige har vi svårt för att våga prata om opublicerade data. I USA är klimatet lika tävlingsinriktat som här, men man pratar ändå om sina resultat, ber om hjälp och tipsar andra. Det måste vi bli bättre på i Sverige eftersom det berikar forskningen.
I USA finns också yrkesforskare på ett annat sätt, konstaterar Kerstin Lindblad-Toh.
– Där finns en karriärväg som säger ”jag vill arbeta som spjutspetsforskare” inte bara ”jag ska bli professor och driva mina projekt”. Det är okej att vara riktigt duktig och ändå arbeta för gruppens mål. Här arbetar du antingen för dig själv; för att få en professur, eller så ska du gå till industrin. Jag skulle vilja att det fanns fler karriärvägar.
Hon tror att utvecklingen är på väg åt det hållet, drivet av att forskningen blir allt mer storskalig och att det behövs skickliga personer som till exempel väljer att leda en teknikplattform i stället för att driva egna projekt.
Har du själv funderat på att arbeta i industrin?
– Nej. Det jag har gjort har hela tiden varit så roligt, jag har inte behövt tänka på något annat, säger Kerstin Lindblad-Toh.