Protocol 3 är namnet på en ny plattform för koloniräkning och zonmätning. Systemet som presenteras av företaget Synbiosis ska vara det första i världen att automatiskt generera en analys för potentialen hos testade antibiotika och vaccin baserat på framräknade data. Protocol 3 har utvecklats för att vara exakt men flexibelt och kan läsa av plattor från 30 millimeter till 150 millimeter i diameter och kan detektera kolonier ner till 43 mikrometers storlek, samt mäta zoner ner till 0,1 millimeters storlek, vilket är mycket känsligt för en automatiserad koloniräknare. Systemet använder också en bildtagning i tre färger som exempelvis gör det enklare att åtskilja rutnät på filter från kolonier, eller att räkna svarta kolonier på mörka odlingsmedia.