Upp till tre enheter kan dessutom sammankopplas för en högre genomströmning av prover. Ett bokningsschema som integrerats i maskinens mjukvara gör det möjligt för användare att boka in sig på maskinen via kontorsnätverket samt att få ett e-mail när PCR-cyklingen har avslutats. En låg energiförbrukning och ett litet fotavtryck på labbänken är andra egenskaper som ska göra plattformen användbar i både akademisk och industriell forskning. Mastercycler nexus som lanseras av Eppendorf innehåller bland annat också företagets flexlid-koncept som gör att locket automatiskt hittar rätt höjd för den isatta provplattan. Gradient-versionen av Mastercycler nexus är designad för att ge användaren en fullvärdig gradient med upp till tolv olika temperaturer.