Smart-Seq ny metod att kartlägga aktiva gener
Forskning från KI kan öka förståelsen för utvecklingen av tumörer.
Forskare vid Karolinska Institutet, Ludwiginstitutet för cancerforskning samt universitet i Hayward och San Diego i USA har tillsammans tagit fram en metod som gör det möjligt att helt kartlägga vilka gener som är aktiva i enskilda celler. Metoden kallas för Smart-Seq och gör det möjligt att exakt beskriva och studera skillnaden i genuttryck mellan enskilda celler från samma vävnad.
I en aktuell studie som har publicerats i Nature Biotechnology, har forskarna använt Smart-Seq för att analysera tumörceller i blodbanan hos en patient med återkommande maligna melanom. Tumörcellerna hade avaktiverat många viktiga membranproteiner, vilket forskarna tror är anledningen till deras förmåga att undkomma kroppens bevakningssystem.
– Dessa resultat är mycket preliminära, men vi visar att det nu är möjligt att genomföra studier av enskilda, kliniskt relevant celler. Cancerforskare runt om i världen kan nu mer systematiskt analysera dessa celler för att i framtiden få fram bättre diagnos och behandlingsmetoder, säger Rickard Sandberg, forskningsgruppsledare på institutionen för cell- och molekylärbiologi, Karolinska Institutet samt forskare vid Ludwiginstitutet för cancerforskning.
Tidigare har samma forskargrupper visat att det är vanligt att en gen ger upphov till flera former av ett protein, vilket innebär att celler från samma vävnad i kroppen inte är så homogena som man har trott.