Fortsatt fokus på HPA
När han lämnar Scilifelab lägger Mathias Uhlén fokus på ett nytt proteomikprojekt. Dessutom fortsätter arbetet med Human Protein Atlas.
Hur känns det att lämna Scilifelab ?
- Jag började som direktör för Scilifelab i Stockholm år 2010, med ett kontrakt som angav att det rörde sig om just en femårstjänst. År 2013 fick vi pengar från Regeringen för att slå ihop verksamheterna i Stockholm och Uppsala och i samband med det fick jag ett tvåårigt förordnande för att starta upp verksamheten. Min tjänst var med andra ord tidsbestämd så jag var beredd på det här men det är ändå med blandade känslor som jag avgår. Jag lämnar dock över till en vetenskaplig ledning som jag tror väldigt mycket på, säger Mathias Uhlén.
Vad är du mest stolt över från din tid på Scilifelab ?
- Jag är bland annat mycket stolt över vår tillväxt. Vi har vuxit från noll till över tusen personer på bara fem år. Jag är även mycket stolt över våra nio plattformar, som har en bra organisation och där vi har valt bra inriktningar.
- Scilifelab sysslar ju inte bara med service utan publicerar även egen forskning, och jag är mycket stolt över den vetenskapliga höjden på våra publikationer. Förra året fick vi ut över 600 – nästan två om dagen – varav drygt 30 publicerades i tidskrifter med hög impaktfaktor, såsom Nature och Science.
Var ska du nu?
- Jag ska gå vidare till två olika roller. Dels har jag fått ansvaret för att driva ett proteomikprojekt och dels så ska jag fortsätta arbeta med Human Protein Atlas, HPA.
Vad går proteomikarbetet ut på?
- Forskningsprojektet, KTH centrum för applied proteomics, har precis fått ett stort anslag från Familjen Erling-Perssons stiftelse. Där är målet att ta fram nya diagnostikmetoder och behandlingar för olika sjukdomar, bland annat cancer och Alzheimers.
- En del av projektet, wellness profiling, går ut på att vi ska följa ett hundratal personer i en pilotstudie, där syftet är att kontinuerligt samla in prover av blod, urin, avföring, saliv och kanske även näsprover. Syftet är att se hur vi kan utföra en liknande studie i ett större format över längre tid, för att identifiera förändringar i sammansättningen av celler, proteiner, mikroflora med mera som kan användas för prediktion av sjukdomar. Vi hoppas på att komma igång med pilotstudien efter sommaren.
Vad finns kvar att göra inom HPA-projektet?
- I december släppte vi en vävnadsbaserad analys av människans proteiner, proteomet. Den innehåller en kartläggning av proteomet hos 72 celltyper i 48 vävnader och organ, och har cirka 100 000 besökare varje månad. Kartläggningen är dock långt ifrån klar och vi har bland annat tre stora svagheter: embryogenesen, hjärnan och blodceller. Dessutom behöver vi hela tiden arbeta med att förbättra kvaliteten på de mer än 13 miljoner bilder som finns i databasen.
- I höst ska vi släppa en specialversion av proteinkartan för hjärnan. Nästa år planerar vi dessutom att publicera en karta över vilka delar av cellerna som olika proteiner befinner sig i. När det är klart vill vi fokusera mer på patologi och kartlägga proteomet vid sjukdom.
Vad har HPA-projektet lärt oss hittills?
- Projektet har bjudit på en hel del överraskningar. Bland annat har vi sett att mer än hälften av våra gener kodar för proteiner som behövs i varje vävnad. Det är mycket mer än vi trodde och vi har sett att alla organ är relativt lika när det gäller sin proteinuppsättning. En njure skiljer sig till exempel endast tio procent från ett annat organ, om man studerar antal proteiner som är närvarande i en frisk njure.
- Vi såg dessutom att de organ som är mest unika proteommässigt är testiklarna. Vi misstänker att en liknande profil skulle kunna hittas i äggstockarna under fosterstadiet, när äggcellerna bildas, men vi har inte fått etiskt tillstånd att jobba med embryonala vävnader ännu.
Vad är din förhoppning för Scilifelab framöver?
- Jag hoppas att det inom fem till tio år fortfarande har en viktig plats inom big data-forskning och att det kan verka varumärkesbyggande för Sverige som kunskapsnation.
- När det gäller att locka industriella partners så räcker det inte med att vara excellent i sin forskning utan man måste kunna visa att man är den bästa partnern i världen. Därför måste vi hitta nischer där vi kan nå en världsunik position. Det kan vi, enligt mig, när det gäller vissa delar av kartläggningen av människans byggstenar. Det är dock viktigt att påpeka att de tekniska plattformar som Scilifelab utvecklat inte nödvändigtvis behöver vara världsunika utan målet är istället att de forskare som använder plattformarna ska kunna göra forskning som de annars skulle ha svårt att genomföra.